核心征管与应用集成项目是金税三期工程的重要组成部分，主要包括核心征管与集成平台和应用集成。税收征管核心系统包括四大类税收征管事项：独立办理事项、税收基础管理事项、税收信用和风险监控事项、法律责任追究和救济事项，以及与外部信息交换平台和决策支持系统的链接。集成平台是在集成架构规划和设计的基础上，实现应用系统间业务协同和共享的统一业务门户。通过数据交换和共享，为总局和省局之间批量数据交换提供技术平台，形成规范、简洁、整洁的应用格局。总集成的应用实现了税务系统内部信息系统之间的协同，建立了一个需要共享的集成运行支撑环境，在每个应用系统之上考虑整个应用系统需要关注的各种共享机制，事前控制各种全局机制，促进所有信息系统的集成，兼顾发展的可持续性和可扩展性。根据金税三期工程总体架构的结果，实行国地税合并后，税收征管系统的应用逻辑结构如下：

征管平台是金税三期工程最重要的业务处理平台，主要包括核心征管系统和自然人税收管理系统。核心征管系统实现了自助办理、税收基础管理、税收信用和风险监控、法律责任追究和救济等相关业务。目前，核心征管系统共有2078项功能。核心征管系统与其他相关软件平台和系统的主要交互如下：(1)与自然人税收管理系统的交互。自然人税务管理系统完成明细纳税申报、扣缴申报等纳税申报功能，以及两地以上收入处理、境外出入境管理等税务管理功能。核心征管系统与自然人税务管理系统的交互包括自然人登记信息、自然人优惠减免信息、单位纳税人登记信息等。主要用于完成自然人和单位纳税人的涉税业务，满足其管理需要。与管理决策平台的互动。内容管理决策平台完成了风险管理、绩效管理等一般业务管理和催收管理分析等决策支持分析功能。核心征管系统与管理决策平台的交互包括为管理决策业务提供基础数据，满足业务监控、绩效考核和政策评估分析所需的基础数据。管理平台为核心征管系统提供风险信息清单等信息。与外部信息交换平台互动。外部信息交换平台为外部部门提供统一的信息交换能力，实现税务局与外部部门之间业务信息和数据的安全可靠交换和共享。负责与外部各部门系统的互联互通，主要实现包括银行、国库、市场监督管理、海关、外汇管理、公安、土地管理、房产、法院等政府部门的数据交换需求。外部交换平台作为税务局与其他部门信息交换的渠道，与核心征管系统实现的业务功能并不交叉。在与外部交换平台的交互中，核心征管系统作为提供方，主要反馈纳税人的登记信息、欠税信息等。到外部信息交换平台，并提供启动调查检查和查询调查检查结果的功能。核心征管作为消费者，主要从外部信息交换平台获取海关相关业务数据、市场监督管理部门注册信息、机动车合格证信息、外汇管理采集数据、人民银行跨境贸易人民币结算等数据，进行具体业务处理。(四)与税务总局保留软件的交互内容金税三期工程实施后，将保留部分征管软件，继续使用，并通过接口升级和金三系统进行整合。与核心征管系统直接相关的系统包括增值税发票管理系统、企业所得税汇算清缴系统等。核心征管系统与税务总局保存的软件之间的交互信息包括代扣代缴税款信息、国库入库信息、纳税人登记信息、纳税人资格信息、增值税专用发票和增值税普通发票的购领信息、增值税专用发票的认证、抵扣和纳税申报信息等。