福建生物工程职业技术学院院系名单有：中药系、药学系、健康管理系、马克思主义学院、公共基础部、康复保健系、健康食品系等；具体看下文（仅供参考）。

福建生物工程职业技术学院院系设置

福建生物工程职业技术学院介绍

福建生物工程职业技术学院（Fujian Vocational College of Bio-engineering）是一所隶属福建省教育厅，以培养生物医药、健康食品、康复养护、医学技术、健康管理高级技术技能人才为主的公办全日制高等职业院校。

学校前身是创办于1980年5月的福建医药学校；2005年5月组建为福建生物工程职业技术学院。

据2021年1月学校官网显示，学校有洪山桥和铜盘2个校区。学校下设7个教学系（院、部），设有23个高职专业。学校有教职员工258人。